Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 COPS7A-208ENST00000538410 1610 ntTSL 3 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 AC091729.3-201ENST00000423008 1401 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.96
HOXD9P28356 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC21.02■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC21.02■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 PGPEP1L-202ENST00000535714 1483 ntTSL 2 BASIC21.01■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 CHKB-201ENST00000406938 1638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC21■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC21■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC21■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC21■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 DRAM2-201ENST00000286692 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 HIST1H2AM-201ENST00000359611 393 ntAPPRIS P1 BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 TREX2-202ENST00000334497 1982 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 AL356652.1-201ENST00000615962 565 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 ZNF511-201ENST00000359035 2004 ntTSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 ST8SIA1-204ENST00000404299 1920 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 TMEM11-201ENST00000317635 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 AMZ1-202ENST00000407112 1862 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 ZNF346-203ENST00000503425 1191 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
HOXD9P28356 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC20.97■□□□□ 0.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms