Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 SLC27A4-202ENST00000372870 1557 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 POU5F1-201ENST00000259915 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 EPS8L1-209ENST00000588359 1407 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 FGF17-202ENST00000518533 1706 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 NELFE-206ENST00000444811 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 TTTY14-205ENST00000454875 544 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 SELENOF-202ENST00000370554 1220 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 AL162231.1-203ENST00000416454 465 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 LRRC75A-AS1-225ENST00000581913 1091 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 PDCD2L-203ENST00000587065 492 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 NTF6B-201ENST00000591913 560 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD54-211ENST00000609454 825 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 Six3os1_6.1-201ENST00000620790 196 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 NFKBIL1-201ENST00000376145 1401 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 RER1-204ENST00000378518 522 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 AC117500.4-201ENST00000542797 617 ntTSL 3 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 EFTUD1P1-201ENST00000558187 596 ntTSL 4 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 AC087388.1-201ENST00000571370 1112 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 SNCA-203ENST00000394986 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 DBNDD2-206ENST00000372720 1481 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 IAH1-215ENST00000497473 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 ARF3-208ENST00000541959 807 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 CDKN3-209ENST00000556102 938 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 AC006942.1-201ENST00000600669 520 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 SPINK2-206ENST00000618802 608 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 IGFBP7-AS1-201ENST00000499667 1389 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 PFN3-201ENST00000358571 530 ntAPPRIS P1 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AC134772.1-201ENST00000438872 885 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 ANAPC11-207ENST00000572639 578 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 NTAN1-211ENST00000622833 1049 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 NTAN1-212ENST00000624579 1115 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 BZW1-209ENST00000452790 1473 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AL954642.1-201ENST00000428088 538 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AL137013.1-201ENST00000432946 1228 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 RBM17P1-201ENST00000453646 1190 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AL929601.1-201ENST00000551565 573 ntTSL 4 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 PLCG1-AS1-201ENST00000454626 1462 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 MIR1238-201ENST00000408483 83 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 ABCC5-211ENST00000446941 883 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AC026427.1-201ENST00000508993 555 ntTSL 3 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC9Q9Y3X0 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.8 ms