Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 CDC42SE2-206ENST00000503291 2025 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 AC027451.1-201ENST00000530667 553 ntTSL 4 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 GPR162-203ENST00000428545 1610 ntTSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.79
CHMP4AQ9BY43 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 AC004882.1-201ENST00000416352 590 ntTSL 3 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 CKLF-CMTM1-204ENST00000532838 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 EXTL3-213ENST00000523149 1779 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 RAP1B-204ENST00000393436 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 TTYH1-202ENST00000376530 1885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 MIR2861-201ENST00000636310 90 ntBASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.18■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 MFSD7-204ENST00000503156 1632 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 APLP2-204ENST00000345598 1862 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 MEA1-201ENST00000244711 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 ADRM1-201ENST00000253003 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 FSCN2-202ENST00000417245 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 NSMF-203ENST00000371472 1852 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
CHMP4AQ9BY43 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.7 ms