Protein–RNA interactions for Protein: Q96M19

LINC00477, Putative transmembrane protein encoded by LINC00477, humanhuman

Predictions only

Length 166 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00477Q96M19 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SLC16A3-201ENST00000392339 2074 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SLC16A3-202ENST00000392341 2086 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 COPS7A-222ENST00000626119 1768 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 XBP1-203ENST00000403532 1824 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.33■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 LBX2-203ENST00000460508 1452 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 ARHGEF18-202ENST00000359920 5733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 FXYD3-203ENST00000435734 1467 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 HMOX2-208ENST00000570646 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 SEC11A-201ENST00000268220 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 AC092720.2-201ENST00000602388 1665 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 FAM117B-201ENST00000392238 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 TDRD10-202ENST00000368482 2331 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 MON1A-201ENST00000296473 2370 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 PKMYT1-216ENST00000574730 1806 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 CIRBP-225ENST00000589710 1835 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 SLC25A10-201ENST00000331531 1946 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 YIPF2-201ENST00000253031 2087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 ATG4B-204ENST00000402096 1685 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 GTF2IRD2B-208ENST00000619142 1932 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 CSPG5-203ENST00000456150 2089 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 DXO-202ENST00000375349 1667 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
LINC00477Q96M19 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.1 ms