Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 FAM99A-201ENST00000382167 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 SUPT4H1-202ENST00000577396 1643 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 HSD17B12-213ENST00000637401 866 ntTSL 4 BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 NAAA-206ENST00000507956 1300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 SNX7-205ENST00000529992 1589 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 DDR1-228ENST00000376575 732 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 IGHV3-73-201ENST00000390636 437 ntAPPRIS P1 BASIC25.33■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 NFU1-202ENST00000394305 1058 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 AC068987.1-201ENST00000562996 427 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 TOM1L2-210ENST00000542206 1320 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 MON1A-203ENST00000455683 1617 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
BRCA1P38398 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 ATP6V0B-213ENST00000532642 1685 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 FAM197Y1-201ENST00000421178 764 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 ZNF688-205ENST00000563707 244 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 ODF3B-201ENST00000329363 970 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 CLPTM1-201ENST00000337392 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 FAM26F-202ENST00000368605 1117 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 NCAM1-AS1-201ENST00000526229 1081 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 SIGLEC15-202ENST00000546268 1054 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 AP000525.1-201ENST00000608286 694 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 EPS8L2-230ENST00000610855 1633 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 ESPN-202ENST00000416731 1338 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 POMZP3-201ENST00000275569 1259 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 PHB2-207ENST00000542912 1138 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 RPL23AP53-202ENST00000606507 370 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 PDLIM2-207ENST00000409417 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 CFL2-205ENST00000555765 632 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 TMEM88B-201ENST00000378821 492 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 CHCHD6-204ENST00000508789 1159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 CCDC28A-203ENST00000617445 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 TMEM114-203ENST00000620492 945 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 AL121829.2-201ENST00000620908 328 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 HSD11B1L-219ENST00000581893 1540 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 LINC01568-207ENST00000641790 1380 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 HTR7P1-201ENST00000538670 1336 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 ING1-202ENST00000338450 1189 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 CTNNBIP1-204ENST00000400904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 FDX2-207ENST00000494368 584 ntTSL 4 BASIC25.29■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 AC008735.6-201ENST00000635964 1292 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 STX5-203ENST00000394690 1568 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 CYP2D8P-201ENST00000433633 1490 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 FAM228B-210ENST00000615575 1357 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 CMTM8-201ENST00000307526 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 PGM5P4-201ENST00000421970 445 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 ZNF534-203ENST00000432303 956 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 FBXO32-202ENST00000443022 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 NEURL1B-202ENST00000520919 1089 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 RPP25L-201ENST00000297613 1092 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
BRCA1P38398 C11orf86-201ENST00000308963 1187 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 125.1 ms