Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 PYCR3-207ENST00000495276 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 NARS2-201ENST00000281038 2519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
LIG1P18858 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 AL161756.1-202ENST00000359491 1717 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 FBXW8-201ENST00000309909 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 MRFAP1-201ENST00000320912 2049 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
LIG1P18858 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIG1P18858 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIG1P18858 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIG1P18858 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIG1P18858 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIG1P18858 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIG1P18858 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIG1P18858 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIG1P18858 GRB14-201ENST00000263915 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
LIG1P18858 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIG1P18858 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIG1P18858 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIG1P18858 TPST2-202ENST00000398110 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
LIG1P18858 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 KANK4-202ENST00000354381 2103 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 HMOX2-218ENST00000619913 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 IGFBP3-210ENST00000613132 2412 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
LIG1P18858 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG1P18858 NGEF-202ENST00000373552 2286 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG1P18858 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG1P18858 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG1P18858 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG1P18858 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG1P18858 FYN-204ENST00000368678 2573 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG1P18858 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG1P18858 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG1P18858 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG1P18858 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
LIG1P18858 INPP1-202ENST00000392329 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 ZNF282-203ENST00000479907 1815 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 BAALC-203ENST00000309982 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 IDH1-205ENST00000446179 2298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 ME3-202ENST00000393324 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
LIG1P18858 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG1P18858 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG1P18858 AL390879.2-201ENST00000424306 2222 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG1P18858 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG1P18858 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG1P18858 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG1P18858 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG1P18858 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
LIG1P18858 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.2 ms