Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
VPS28Q9UK41 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 MARS-234ENST00000630571 216 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 MARS-235ENST00000630803 183 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 TEX22-201ENST00000451127 2571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
VPS28Q9UK41 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms