Protein–RNA interactions for Protein: Q96M19

LINC00477, Putative transmembrane protein encoded by LINC00477, humanhuman

Predictions only

Length 166 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00477Q96M19 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 BRICD5-201ENST00000328540 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SBNO2-201ENST00000361757 4923 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 NR1H2-211ENST00000599105 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 FBXO31-207ENST00000618298 1871 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 OSCAR-208ENST00000611261 2061 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SLC38A7-205ENST00000564010 1437 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 TPCN2-205ENST00000542467 2000 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SAE1-203ENST00000413379 2313 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 OXER1-201ENST00000378661 1781 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 PLCD1-201ENST00000334661 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 ACHE-204ENST00000412389 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SUMF2-204ENST00000395436 1683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 AC007249.2-201ENST00000553181 1737 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SPOCK3-204ENST00000502330 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 ME2-202ENST00000382927 2492 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 HCK-203ENST00000375862 1806 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 RIMKLB-202ENST00000357529 5830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SLC16A5-201ENST00000329783 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 FAM129C-212ENST00000601861 2180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 RBM45-207ENST00000616198 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 SLC44A3-203ENST00000446120 2094 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 PHLDA1-202ENST00000602540 5741 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
LINC00477Q96M19 DBNDD1-201ENST00000002501 2079 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.5 ms