Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6R9

CCDC61, Coiled-coil domain-containing protein 61, humanhuman

Predictions only

Length 512 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC61Q9Y6R9 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC61Q9Y6R9 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC61Q9Y6R9 NAT14-204ENST00000591590 1011 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
CCDC61Q9Y6R9 TACO1-201ENST00000258975 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 MAP1LC3A-201ENST00000360668 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 NFS1-214ENST00000541387 1436 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 MTFP1-202ENST00000355143 891 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 KLHL35-201ENST00000376292 1500 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 CAMKMT-201ENST00000378494 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 UBE2C-201ENST00000243893 476 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 SMG1P1-207ENST00000446662 852 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 LMAN1L-202ENST00000379709 1699 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 RFT1-202ENST00000394738 1800 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 HOXB2-201ENST00000330070 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 ST6GAL2-203ENST00000409087 1657 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 C5orf38-206ENST00000505778 509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 LINC01956-201ENST00000557729 695 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CCDC61Q9Y6R9 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.12
CCDC61Q9Y6R9 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC61Q9Y6R9 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC61Q9Y6R9 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC61Q9Y6R9 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC61Q9Y6R9 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC61Q9Y6R9 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC61Q9Y6R9 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC61Q9Y6R9 AL354712.1-201ENST00000563570 477 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC61Q9Y6R9 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC61Q9Y6R9 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC61Q9Y6R9 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC61Q9Y6R9 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC61Q9Y6R9 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC61Q9Y6R9 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CCDC61Q9Y6R9 GGT1-206ENST00000404223 952 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms