Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 BORCS8-MEF2B-202ENST00000444486 1492 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 CDK6-202ENST00000424848 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 TMCO6-203ENST00000394671 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 CHRDL2-210ENST00000622063 1691 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 PRKRA-201ENST00000325748 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
USP3Q9Y6I4 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP3Q9Y6I4 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP3Q9Y6I4 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP3Q9Y6I4 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP3Q9Y6I4 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP3Q9Y6I4 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP3Q9Y6I4 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms