Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRP4

PAAF1, Proteasomal ATPase-associated factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 392 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PAAF1Q9BRP4 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 NFIX-205ENST00000585575 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 TRA2B-203ENST00000382191 976 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 AK4-208ENST00000546702 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 RPS2P52-201ENST00000469610 820 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 AC105020.6-201ENST00000621523 1217 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 POLDIP2-202ENST00000618887 1524 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 PLSCR3-213ENST00000576362 1605 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PAAF1Q9BRP4 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 LEF1-203ENST00000438313 1488 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 MEF2B-203ENST00000410050 1429 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 ZNF534-201ENST00000301085 1525 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 CELF2-211ENST00000632065 1952 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 IFI6-202ENST00000361157 841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 ZPBP-203ENST00000419417 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 PNKP-215ENST00000600910 1600 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 TSTA3-201ENST00000425753 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PAAF1Q9BRP4 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms