Protein–RNA interactions for Protein: Q96P16

RPRD1A, Regulation of nuclear pre-mRNA domain-containing protein 1A, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 312 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPRD1AQ96P16 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC21.27■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC21.27■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC21.27■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.27■■□□□ 1
RPRD1AQ96P16 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 VMO1-204ENST00000441199 741 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 ANAPC1P1-202ENST00000616781 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 PKIB-206ENST00000392490 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 AL355802.2-201ENST00000402069 882 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 IGHV3-33-201ENST00000390615 431 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 IGHV3-30-201ENST00000603660 431 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
RPRD1AQ96P16 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms