Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
USF3Q68DE3 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 AC073111.3-201ENST00000478789 635 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.67■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC17.67■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 ANP32AP1-202ENST00000560832 1074 ntTSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC17.67■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
USF3Q68DE3 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.67■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.4 ms