Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 GCFC2-207ENST00000470503 1066 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 COX4I1-202ENST00000561569 716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 ICAM2-207ENST00000579687 1154 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 C20orf204-205ENST00000636176 961 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC26.37■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 SNF8-202ENST00000502492 2319 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 HAUS1-201ENST00000282058 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 VKORC1-202ENST00000319788 1077 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 NUBP2-206ENST00000565134 815 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 C2orf69P4-201ENST00000565394 541 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 ARRB2-216ENST00000574954 1348 ntTSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC26.36■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 KIAA1522-201ENST00000294521 878 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 LINC00708-201ENST00000428165 916 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 EIF2B4-201ENST00000347454 1792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 TBCB-201ENST00000221855 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 KRT18P21-201ENST00000515767 1272 ntBASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 FOXN3-AS1-201ENST00000555562 1077 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 SLC1A7-201ENST00000371491 1306 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.34■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 EGFR-204ENST00000420316 1570 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 GDF15-201ENST00000252809 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 TCEAL6-202ENST00000372774 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 PYCR3-202ENST00000377579 985 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 RALGPS1-206ENST00000394011 819 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 MAZ-215ENST00000569978 567 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 GSTM4-201ENST00000326729 1321 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
CCDC87Q9NVE4 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.32■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 SPATA2L-202ENST00000335360 1001 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 SEC23A-AS1-201ENST00000557350 500 ntTSL 3 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 ISG20-210ENST00000560741 800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 FAM58A-204ENST00000576892 1306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC26.31■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 STXBP1-203ENST00000476182 566 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 TPD52L1-207ENST00000527711 999 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 ACY1-207ENST00000476854 1319 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
CCDC87Q9NVE4 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.3 ms