Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 AC007114.1-201ENST00000576871 713 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 NSUN5-204ENST00000438747 1663 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 NUF2-208ENST00000524800 1845 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 GNB4-204ENST00000468623 1360 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 LYSMD2-201ENST00000267838 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 FAM151B-201ENST00000282226 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 CALY-201ENST00000252939 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 ARRB2-202ENST00000346341 1769 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 STAC-204ENST00000457375 1366 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
CCDC140Q96MF4 TOLLIP-201ENST00000263646 2283 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.1 ms