Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 SYTL1-211ENST00000618673 1712 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 FAM46B-201ENST00000289166 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 VGF-201ENST00000249330 2575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
CCDC42Q96M95 C19orf66-201ENST00000253110 2117 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 CHST8-203ENST00000438847 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 RASL12-201ENST00000220062 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 CSPG5-201ENST00000264723 4080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 DOCK9-206ENST00000427887 4176 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 GLS-201ENST00000320717 4834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 BYSL-201ENST00000230340 2029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 GATA5-201ENST00000252997 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 PGAM5-203ENST00000498926 2834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 SUMO3-204ENST00000411651 1921 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 ME2-218ENST00000640965 2476 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 METRNL-203ENST00000571814 1900 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 VPS53-201ENST00000291074 2656 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 PCBP4-212ENST00000484633 2009 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 CNTNAP3B-202ENST00000341990 2666 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 C22orf39-206ENST00000611555 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 P4HB-201ENST00000331483 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 AFG3L1P-217ENST00000557444 2447 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CCDC42Q96M95 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64 ms