Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 SSH3-202ENST00000308298 2046 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 ZFP69B-202ENST00000411995 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 ADAMTS19-201ENST00000274487 5234 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 CXCL16-201ENST00000293778 2222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 HDHD5-201ENST00000155674 1735 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 HNRNPA3-204ENST00000435711 1731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 KCNK17-202ENST00000453413 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 GTF3C5-202ENST00000372097 2406 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 MAP7D2-203ENST00000443379 2476 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 APAF1-210ENST00000551964 5444 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 SMG8-203ENST00000578922 2178 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 DRD5-201ENST00000304374 2330 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 DALRD3-202ENST00000341949 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 FAM213A-202ENST00000372185 1723 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 AL162377.1-201ENST00000618844 1793 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 SEMA6B-202ENST00000586965 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 RTN4RL2-201ENST00000335099 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
CCDC112Q8NEF3 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 AC018445.3-201ENST00000624177 1945 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 EML2-220ENST00000589876 2364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 ZFP92-201ENST00000338647 6105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 SLC6A7-203ENST00000524041 2431 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 TRPC1-203ENST00000476941 3061 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 USP39-204ENST00000409766 2033 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 BID-203ENST00000399765 1879 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 POLD2-201ENST00000223361 1597 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 PPFIA1-201ENST00000253925 5234 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 C7orf43-206ENST00000456769 2046 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 TANGO2-217ENST00000456048 2439 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 MAPK15-201ENST00000338033 1961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
CCDC112Q8NEF3 SLC16A5-202ENST00000450736 2051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.7 ms