Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC28.36■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 CHCHD10-201ENST00000401675 691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC28.35■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 ANXA2-201ENST00000332680 1444 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 DBNL-207ENST00000440166 1415 ntTSL 2 BASIC28.35■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 MSGN1-201ENST00000281047 606 ntAPPRIS P1 BASIC28.35■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC28.35■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 RN7SL850P-201ENST00000579959 291 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 AL353708.3-201ENST00000610272 989 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 RBP4-202ENST00000371467 1314 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 MIF-AS1-201ENST00000406213 1476 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 CABP2-202ENST00000353903 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 H2AFB2-201ENST00000354514 348 ntAPPRIS P1 BASIC28.33■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 PHF11-218ENST00000496623 1173 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 AC015712.2-203ENST00000560461 688 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 AC005829.2-201ENST00000571422 1056 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 HOXC13-AS-201ENST00000512916 1408 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
NPHP3Q7Z494 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 SLC25A47-202ENST00000557052 1552 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 HIGD1A-201ENST00000321331 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 KRAS-201ENST00000256078 1119 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 CA3-AS1-201ENST00000517697 559 ntTSL 4 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 SLC35B2-205ENST00000538577 1909 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 LRRC29-209ENST00000629962 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 TMEM263-208ENST00000551489 621 ntTSL 4 BASIC28.31■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 C17orf62-238ENST00000585064 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 ARHGAP8-204ENST00000389774 1725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 SERP1-205ENST00000487153 657 ntTSL 4 BASIC28.3■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 AC105020.4-201ENST00000569467 563 ntTSL 4 BASIC28.3■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC28.3■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 CROCCP2-205ENST00000639481 1296 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 RAB11B-201ENST00000328024 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 SIVA1-201ENST00000329967 802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 AP001458.2-201ENST00000528405 577 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28.29■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 NT5C-211ENST00000582170 653 ntTSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC28.28■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 CXorf40A-204ENST00000423421 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
NPHP3Q7Z494 C5orf56-203ENST00000378953 942 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.2 ms