Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 GPT-205ENST00000528431 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 PQLC2-201ENST00000375153 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 GIT1-201ENST00000225394 3768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 ZNF324B-202ENST00000545523 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 ZNF692-202ENST00000366471 1710 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 DGKZ-203ENST00000421244 2862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 TCAIM-203ENST00000396078 2178 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC18.33■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 VAV1-201ENST00000304076 2825 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 RAC1-201ENST00000348035 2323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
SCN1BQ07699 PRR14-202ENST00000300835 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 CHRNB1-201ENST00000306071 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 CHD1L-201ENST00000361293 2484 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 RAB11FIP5-201ENST00000258098 4342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 RIPPLY3-201ENST00000329553 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 FAM129C-201ENST00000332386 2222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 PACSIN3-211ENST00000539589 2009 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 SLC39A5-209ENST00000454355 1968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 NOTCH2NL-204ENST00000579793 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 TINCR-201ENST00000448587 3733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 MAPK9-201ENST00000343111 4369 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 CLINT1-207ENST00000523908 2346 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 TTC12-202ENST00000393020 2541 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 TMTC1-203ENST00000539277 2758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 GAS6-201ENST00000327773 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 ACSS3-201ENST00000261206 2666 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 ASPG-201ENST00000546892 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 TMED4-203ENST00000457408 2322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 VSTM2A-203ENST00000404951 2521 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 CHST2-201ENST00000309575 4582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 DCBLD2-201ENST00000326840 6122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 KLRG2-201ENST00000340940 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 CDHR5-201ENST00000349570 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 ADCY5-202ENST00000462833 7311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
SCN1BQ07699 AC104581.1-201ENST00000324348 2852 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.1 ms