Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 AC100791.3-201ENST00000617619 330 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 THOC3-201ENST00000265097 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
HOXD9P28356 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 MCRIP2P1-201ENST00000394346 511 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
HOXD9P28356 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.3 ms