Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 GATA6-AS1-202ENST00000583490 1788 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 EXOC3-AS1-202ENST00000623673 1663 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 ZNF48-201ENST00000320159 3234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 BAG4-202ENST00000432471 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 NOXO1-202ENST00000356120 1539 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
PCIF1Q9H4Z3 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 AC037459.4-201ENST00000517384 585 ntTSL 4 BASIC22.64■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC22.64■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
PCIF1Q9H4Z3 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.5 ms