Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
NUP88Q99567 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NUP88Q99567 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NUP88Q99567 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NUP88Q99567 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NUP88Q99567 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 TMEM151B-202ENST00000451188 4895 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.47
NUP88Q99567 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NUP88Q99567 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NUP88Q99567 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NUP88Q99567 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
NUP88Q99567 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NUP88Q99567 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NUP88Q99567 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NUP88Q99567 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NUP88Q99567 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NUP88Q99567 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
NUP88Q99567 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.3 ms