Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 SPAST-203ENST00000615843 5212 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 LMTK2-201ENST00000297293 8946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 KLHDC4-204ENST00000353170 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 SYNM-204ENST00000594047 6407 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.03■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 CATSPER2-201ENST00000321596 1820 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 CDIPT-202ENST00000561555 1726 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC18.02■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 FMR1-204ENST00000370471 4125 ntTSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 CREG2-201ENST00000324768 6383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.01■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 HDAC11-211ENST00000433119 2043 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 NUP160-203ENST00000526870 1537 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC18■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC17.99■□□□□ 0.47
CCDC54Q8NEL0 NDOR1-201ENST00000344894 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.99■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms