Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 PTGER3-203ENST00000354608 1470 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 C16orf90-202ENST00000437192 907 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 CCDC63-201ENST00000308208 1993 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 CDKN2B-AS1-217ENST00000585267 1337 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 DIMT1-202ENST00000506390 1208 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AC073896.1-201ENST00000549318 937 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 TPM1-226ENST00000560959 925 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 IFI6-203ENST00000362020 828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AC098829.1-201ENST00000502344 630 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AC002310.4-201ENST00000568114 377 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 PTGIR-202ENST00000594275 699 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 PTGIR-206ENST00000598865 724 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AC079145.1-201ENST00000416575 541 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AC106791.1-202ENST00000508281 1148 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 SYNC-201ENST00000373484 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 LINC00969-218ENST00000452844 583 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 LINC00969-221ENST00000457233 1279 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 ISOC2-201ENST00000085068 1122 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AC019257.1-201ENST00000517676 557 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AC113410.3-201ENST00000623366 203 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.15
CHD9Q3L8U1 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 ABHD1-201ENST00000316470 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 ACP1-205ENST00000407983 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 AC026471.5-201ENST00000615068 467 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 SNX5-213ENST00000486039 602 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 H3F3A-204ENST00000366816 799 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 AC004706.3-201ENST00000634558 1009 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 RNF8-204ENST00000469731 1800 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
CHD9Q3L8U1 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
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