Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC31.47■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC31.47■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.47■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC31.47■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC31.47■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.47■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 PRTN3-201ENST00000234347 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 ESR1-210ENST00000456483 1368 ntTSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC31.45■■■□□ 2.63
TCOF1Q13428 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.45■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC31.45■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC31.45■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC31.45■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 GOLGA4-212ENST00000617480 1545 ntTSL 5 BASIC31.44■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.44■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC31.44■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC31.44■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 TPSAB1-201ENST00000338844 1175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC31.44■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 AL589743.5-201ENST00000616611 1050 ntBASIC31.44■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 DDAH1-205ENST00000539042 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.44■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 CLDND1-201ENST00000341181 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 CDC123-201ENST00000281141 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC31.43■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC31.43■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC31.43■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC31.43■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC31.43■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.43■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.42■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC31.42■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC31.42■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC31.42■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC31.42■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 CYP26A1-201ENST00000224356 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC31.41■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC31.41■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.41■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.41■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC31.41■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC31.41■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 MAST1-208ENST00000591495 1496 ntTSL 5 BASIC31.4■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC31.4■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC31.4■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC31.4■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC31.4■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC31.4■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC31.4■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC31.4■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC31.4■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 CENPS-CORT-204ENST00000602296 1326 ntTSL 3 BASIC31.39■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
TCOF1Q13428 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC31.39■■■□□ 2.62
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