Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

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Length 608 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 FDXR-219ENST00000583917 1762 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 RPS15-206ENST00000589656 473 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 SCARB2-219ENST00000639738 1517 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 PRDX1-201ENST00000262746 1234 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 TMEM240-202ENST00000425828 717 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 ALG5-202ENST00000443765 1119 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 KHDRBS1-204ENST00000492989 1215 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 PRSS3-202ENST00000361005 966 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.03
TDP1Q9NUW8 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 AC098590.1-201ENST00000468126 897 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 RRAS2-203ENST00000526063 970 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 RRAS2-208ENST00000532814 982 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 OVCH1-AS1-203ENST00000551108 963 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 CYB5R2-212ENST00000533558 1658 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
TDP1Q9NUW8 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
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