Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 SLC43A3-225ENST00000533524 1879 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 ROCK2-202ENST00000315872 8292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 PPTC7-201ENST00000354300 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 RNF32-207ENST00000405335 1938 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 TGFBR1-201ENST00000374990 5720 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 SOX11-201ENST00000322002 8719 ntAPPRIS P1 BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 ZGPAT-206ENST00000448100 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
VPS39Q96JC1 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 SNUPN-205ENST00000564644 1931 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
VPS39Q96JC1 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.3 ms