Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 NDUFAF6-203ENST00000396124 1798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 PLCG1-202ENST00000373271 7395 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 RLBP1-201ENST00000268125 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 CDAN1-201ENST00000356231 4637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 USP25-204ENST00000400183 5341 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 WNT10B-202ENST00000403957 1817 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 NRN1-203ENST00000616243 1556 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 RAVER2-201ENST00000294428 4398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 DLGAP4-201ENST00000339266 5016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 MFHAS1-201ENST00000276282 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 TNIP1-205ENST00000518977 2200 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
CCDC54Q8NEL0 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.2 ms