Protein–RNA interactions for Protein: Q06945

SOX4, Transcription factor SOX-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 474 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SOX4Q06945 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 CDV3P1-201ENST00000471403 739 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SOX4Q06945 TSC22D3-205ENST00000372390 1812 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 CEBPB-AS1-201ENST00000613921 2648 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 PAX1-202ENST00000444366 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 NELFE-202ENST00000375429 1584 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 LAG3-202ENST00000441671 1576 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 CDKN2A-205ENST00000479692 544 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 AC083880.1-201ENST00000608266 535 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 SAPCD2P1-201ENST00000395413 1184 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 SPOCK2-209ENST00000536168 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 TMEM125-201ENST00000432792 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 ENTPD2-201ENST00000312665 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SOX4Q06945 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms