Protein–RNA interactions for Protein: P38398

BRCA1, Breast cancer type 1 susceptibility protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,863 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRCA1P38398 CEBPE-201ENST00000206513 1554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 BABAM1-213ENST00000601043 1366 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 ATP5D-201ENST00000215375 997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 KRT18P68-201ENST00000392293 1000 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 CBLC-201ENST00000270279 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 BACE1-203ENST00000428381 1333 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 RBM42-204ENST00000589559 1328 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 BSX-201ENST00000343035 830 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 HGNC:18790-208ENST00000506380 798 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.72■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 GOLGA2P7-203ENST00000557881 896 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 FBXL12-203ENST00000586073 582 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 GOLGA2P10-205ENST00000618267 983 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 SUGCT-202ENST00000401647 1369 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 HAS3-201ENST00000219322 1163 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 TSTD1-201ENST00000318289 626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 CYP21A1P-202ENST00000354927 1481 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 RNF135-204ENST00000443677 1261 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 AC110285.5-201ENST00000611501 352 ntBASIC25.7■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 CORO1B-210ENST00000627576 960 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
BRCA1P38398 TPM1-208ENST00000404484 1568 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 ZDHHC24-203ENST00000526986 1424 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 LINC01743-201ENST00000366308 964 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 SUV39H2-204ENST00000378325 1292 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 AC008443.1-203ENST00000505151 886 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 AC092865.7-201ENST00000641832 219 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 TSPAN3-210ENST00000561277 1592 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 AKIP1-206ENST00000525005 1128 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 FBXO17-202ENST00000595329 1299 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC25.69■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 MIR6786-201ENST00000616843 113 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 FDFT1-209ENST00000525900 1596 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 AL590666.2-201ENST00000448869 758 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 BIRC7-202ENST00000342412 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 PHOSPHO1-206ENST00000514112 1587 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 ICAM4-201ENST00000340992 1176 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 RNF5-203ENST00000375094 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 CCDC103-202ENST00000410006 921 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 DMRT2-206ENST00000412350 1244 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 SIVA1-203ENST00000535554 1244 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 AC022211.2-202ENST00000582668 546 ntTSL 4 BASIC25.68■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 SPHK2-213ENST00000601712 1394 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 AC087633.2-202ENST00000565166 1439 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 FBXO6-201ENST00000376753 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 CTAG2-201ENST00000247306 993 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 BNIP3L-206ENST00000523515 915 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 AC018445.1-201ENST00000621571 568 ntTSL 4 BASIC25.67■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 MARC2-201ENST00000359316 1335 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 MADCAM1-201ENST00000215637 1572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 WDR88-203ENST00000592765 651 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
BRCA1P38398 FBXO28-202ENST00000424254 1334 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms