Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 IVD-206ENST00000487418 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 NTN4-207ENST00000553059 1818 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 TMPRSS5-208ENST00000544476 1320 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
SNHG28P0DPA3 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC24.08■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 GAS8-202ENST00000536122 1687 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 PACSIN3-201ENST00000298838 1843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 AC069431.1-201ENST00000488882 1877 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 EMC6-202ENST00000397133 762 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 NEURL3-204ENST00000451794 1461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC24.04■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 AP001972.3-201ENST00000530792 495 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 PAGR1-201ENST00000320330 1702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 HOXA4-202ENST00000428284 1595 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 TUSC2-201ENST00000232496 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 IKBIP-203ENST00000393042 1368 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 TRIM15-210ENST00000619857 2217 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
SNHG28P0DPA3 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms