Protein–RNA interactions for Protein: P02549

SPTA1, Spectrin alpha chain, erythrocytic 1, humanhuman

Predictions only

Length 2,419 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SPTA1P02549 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AC020922.2-201ENST00000596786 359 ntTSL 4 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 PTCD3-220ENST00000627371 210 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 CD247-201ENST00000362089 1609 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 NIPAL4-202ENST00000435489 1600 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 CEACAM3-202ENST00000357396 1316 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 BCL2L10-202ENST00000561198 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 ATG4B-226ENST00000625810 370 ntTSL 4 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 CABP2-204ENST00000636477 941 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 ARL2-201ENST00000246747 979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 REXO2-201ENST00000265881 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 MPC2-201ENST00000271373 798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 WNT1-201ENST00000293549 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 REXO2-208ENST00000539754 791 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 CBLN3-202ENST00000555436 718 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 PDCD2-202ENST00000392090 936 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 OCIAD2-205ENST00000508632 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AC124016.1-201ENST00000609552 612 ntBASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 NTSR2-201ENST00000306928 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 C19orf66-209ENST00000591813 1481 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 PHB2-201ENST00000399433 1308 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 MFF-205ENST00000354503 1085 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 CMTM3-207ENST00000564060 824 ntTSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 CMTM3-211ENST00000565922 615 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 GTF2IRD2B-206ENST00000614064 573 ntTSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 TXNL1-211ENST00000590954 1339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 CRK-204ENST00000574295 1391 ntTSL 5 BASIC18.92■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AC013269.1-201ENST00000409259 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 TISP43-206ENST00000623376 1653 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 SMIM19-201ENST00000414154 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 HOXB-AS3-204ENST00000466037 522 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 PENK-204ENST00000518770 863 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 ANAPC11-223ENST00000612413 964 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AL645608.1-202ENST00000417705 1389 ntTSL 3 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 NDUFV3-202ENST00000354250 1575 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 FNIP1-204ENST00000511848 1720 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AL590627.2-201ENST00000637510 144 ntTSL 5 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC18.91■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 SLC2A7-201ENST00000400906 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 RPLP0-201ENST00000228306 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AC090970.2-201ENST00000561318 865 ntTSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 PYCR1-216ENST00000619204 1904 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 CIRBP-215ENST00000588030 1509 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.9■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 SERPINB6-204ENST00000380529 1370 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.9■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AC027031.2-201ENST00000521369 1318 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 AL023875.1-201ENST00000640777 796 ntBASIC18.9■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC18.9■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC18.89■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.62
SPTA1P02549 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
SPTA1P02549 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
SPTA1P02549 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
SPTA1P02549 ACVR1C-203ENST00000348328 1270 ntTSL 1 (best) BASIC18.89■□□□□ 0.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms