Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 EPHX3-202ENST00000435261 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 RELL2-207ENST00000521367 1780 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 TMEM9B-205ENST00000534025 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS54Q9P1Q0 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 OSR2-203ENST00000457907 2126 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC24■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 ZC3HAV1L-201ENST00000275766 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 GPR108-201ENST00000264080 2057 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
VPS54Q9P1Q0 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.8 ms