Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 PTPA-214ENST00000423100 988 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.86
CHMP4AQ9BY43 C7orf49-213ENST00000617987 1727 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 LINC00605-201ENST00000514902 1558 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 AC007322.3-201ENST00000426526 701 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 SNX21-201ENST00000342644 1506 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 RTCA-201ENST00000260563 1534 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 C4orf48-202ENST00000409860 477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 ZCCHC9-204ENST00000438268 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 AC116050.2-201ENST00000612102 1779 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 EEF1DP3-201ENST00000428783 1309 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 TPD52L1-201ENST00000304877 1468 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 ANTXR1-202ENST00000409349 1384 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 PDE9A-212ENST00000398234 1783 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 TMPO-201ENST00000261210 820 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 SLC25A22-216ENST00000531214 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 SSTR3-202ENST00000617123 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
CHMP4AQ9BY43 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 PPP1CA-202ENST00000358239 1054 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
CHMP4AQ9BY43 MRPL40-201ENST00000333130 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.5 ms