Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 RHOH-222ENST00000617441 1872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.081e-6■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 RHOH-221ENST00000615577 2227 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.3□□□□□ -0.121e-6■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 RHOH-223ENST00000619474 2230 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.3□□□□□ -0.121e-6■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 RHOH-224ENST00000622175 2254 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.54□□□□□ -0.241e-6■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 RHOH-203ENST00000503941 789 ntTSL 212.81□□□□□ -0.361e-6■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 RHOH-209ENST00000511121 571 ntTSL 212.32□□□□□ -0.441e-6■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 RHOH-208ENST00000508513 874 ntTSL 311.82□□□□□ -0.521e-6■■■■■ 27.2
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UPF1Q92900 RHOH-216ENST00000515718 574 ntTSL 410.61□□□□□ -0.711e-6■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 ZNF609-201ENST00000326648 8746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC10.69□□□□□ -0.73e-10■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 NARFL-205ENST00000562862 1659 ntTSL 1 (best)22.63■■□□□ 1.212e-18■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 POLR2D-201ENST00000272645 5042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.07□□□□□ -0.81e-8■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 ZNF542P-207ENST00000495307 3393 ntTSL 1 (best) BASIC12.33□□□□□ -0.442e-7■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 ZNF542P-206ENST00000490123 3440 ntTSL 1 (best)11□□□□□ -0.652e-7■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 ZNF542P-202ENST00000467807 3209 ntTSL 1 (best) BASIC7.22□□□□□ -1.252e-7■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 KIAA1161-201ENST00000297625 6398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.01□□□□□ -0.173e-7■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 PRRC2C-204ENST00000426496 10175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC10.69□□□□□ -0.76e-13■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 PRRC2C-201ENST00000338920 10355 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC7.7□□□□□ -1.186e-13■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 PRRC2C-202ENST00000367742 10366 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.58□□□□□ -1.366e-13■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 PRRC2C-211ENST00000495585 5566 ntTSL 1 (best)5.02□□□□□ -1.616e-13■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 CCDC137-206ENST00000575223 1888 ntTSL 525.78■■□□□ 1.721e-6■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.56■□□□□ 0.721e-6■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC37.21■■■■□ 3.551e-7■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 SIGMAR1-204ENST00000461426 939 ntTSL 1 (best)36.46■■■■□ 3.431e-7■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 SIDT2-208ENST00000525478 840 ntTSL 315.41■□□□□ 0.062e-8■■■■■ 27.2
UPF1Q92900 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.82■□□□□ 0.63e-7■■■■■ 27.2
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UPF1Q92900 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.92e-6■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 CD7-206ENST00000583376 1659 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.672e-6■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.542e-6■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 GCHFR-201ENST00000260447 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.074e-7■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 GCHFR-205ENST00000559932 695 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.884e-7■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 GCHFR-202ENST00000558467 785 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.774e-7■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.484e-7■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 MYRF-203ENST00000389602 2052 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.452e-6■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 NOP9-203ENST00000557362 455 ntTSL 523.46■■□□□ 1.351e-8■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 DHX37-204ENST00000542400 3065 ntTSL 214.16□□□□□ -0.141e-6■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 DHX37-203ENST00000539298 4550 ntTSL 1 (best)13.71□□□□□ -0.221e-6■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 DHX37-201ENST00000308736 4550 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.261e-6■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 DHX37-206ENST00000544745 4112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.45□□□□□ -0.581e-6■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 PHF19-203ENST00000419155 3525 ntTSL 2 BASIC16.17■□□□□ 0.184e-14■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 PHF19-202ENST00000373896 4241 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.73□□□□□ -0.374e-14■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 PHF19-214ENST00000616568 4159 ntTSL 1 (best) BASIC10.51□□□□□ -0.734e-14■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 SMARCD1-205ENST00000548573 2095 ntTSL 5 BASIC9.63□□□□□ -0.871e-7■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.91e-6■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.48■■□□□ 1.831e-6■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 PICK1-214ENST00000484021 2531 ntTSL 223.71■■□□□ 1.391e-6■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 RFWD3-201ENST00000361070 4957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.81□□□□□ -0.362e-8■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 TNPO2-218ENST00000592287 2914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.191e-11■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 FAM129A-201ENST00000367511 6928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.45□□□□□ -0.98e-8■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 ICAM1-202ENST00000423829 1296 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.912e-7■■■■■ 27.1
UPF1Q92900 STK40-205ENST00000460017 511 ntTSL 529.89■■■□□ 2.387e-13■■■■■ 27
UPF1Q92900 ZNF580-205ENST00000592461 377 ntTSL 329.76■■■□□ 2.356e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 ZNF580-203ENST00000545125 1025 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.54■■■□□ 2.326e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.696e-7■■■■■ 27
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UPF1Q92900 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC23.83■■□□□ 1.416e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 CD82-204ENST00000524750 757 ntTSL 223.82■■□□□ 1.46e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC20.9■□□□□ 0.946e-7■■■■■ 27
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UPF1Q92900 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.846e-7■■■■■ 27
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UPF1Q92900 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.736e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 AC104452.1-208ENST00000636461 5083 ntTSL 518.04■□□□□ 0.486e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 GLIPR2-201ENST00000377959 812 ntTSL 3 BASIC18.01■□□□□ 0.476e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.396e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 TMEM110-MUSTN1-203ENST00000514466 755 ntTSL 216.93■□□□□ 0.36e-7■■■■■ 27
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UPF1Q92900 NICN1-201ENST00000273598 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.246e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 AC104452.1-203ENST00000636166 2266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.076e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 GLIPR2-202ENST00000377960 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.44□□□□□ -0.16e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 SLC44A4-203ENST00000375562 2505 ntTSL 2 BASIC14.18□□□□□ -0.146e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 FUT10-209ENST00000520767 1623 ntTSL 1 (best)13.57□□□□□ -0.246e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 FUT10-211ENST00000524021 2042 ntTSL 2 BASIC13.23□□□□□ -0.296e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 ALDH1A2-207ENST00000558231 1664 ntTSL 2 BASIC13.02□□□□□ -0.326e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 SLC44A4-210ENST00000544672 2634 ntTSL 2 BASIC12.93□□□□□ -0.346e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 AC104452.1-206ENST00000637088 6740 ntTSL 512.68□□□□□ -0.386e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 AC104452.1-201ENST00000638115 4453 ntTSL 512.62□□□□□ -0.396e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 AC104452.1-207ENST00000638014 4510 ntTSL 512.51□□□□□ -0.416e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 SLC44A4-202ENST00000229729 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.9□□□□□ -0.56e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 PDCD6IP-206ENST00000457054 5962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.89□□□□□ -0.516e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 FUT10-202ENST00000416169 2187 ntTSL 1 (best)11.84□□□□□ -0.516e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 ALDH1A2-217ENST00000559517 1468 ntTSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.566e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 GLIPR2-204ENST00000474050 2702 ntTSL 211.45□□□□□ -0.586e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 MROH7-TTC4-204ENST00000606515 5162 ntAPPRIS ALT2 TSL 211.4□□□□□ -0.586e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 AC104452.1-205ENST00000638079 3146 ntTSL 511.38□□□□□ -0.596e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 FUT10-201ENST00000327671 3825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.88□□□□□ -0.836e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 PDCD6IP-201ENST00000307296 6161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.65□□□□□ -1.026e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 FUT10-206ENST00000518672 3115 ntTSL 1 (best) BASIC8.52□□□□□ -1.056e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 GABPB2-202ENST00000368918 8964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC8.25□□□□□ -1.096e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 AAK1-211ENST00000606389 8964 ntTSL 57.73□□□□□ -1.176e-7■■■■■ 27
UPF1Q92900 NOB1-201ENST00000268802 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.281e-10■■■■■ 27
UPF1Q92900 TRAF3-208ENST00000560371 7640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.232e-6■■■■■ 27
UPF1Q92900 TRAF3-201ENST00000347662 7700 ntTSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.542e-6■■■■■ 27
UPF1Q92900 BBC3-205ENST00000598636 900 ntTSL 232.97■■■□□ 2.871e-15■■■■■ 27
UPF1Q92900 MBOAT7-213ENST00000495279 1585 ntTSL 221.73■■□□□ 1.073e-8■■■■■ 27
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