Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF622-201ENST00000308683 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC132008.2-203ENST00000418868 1552 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 BCAT2-207ENST00000597011 1579 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC005229.4-201ENST00000610085 2198 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 MAP3K21-203ENST00000366624 5809 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 TNFAIP2-209ENST00000560869 4683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 PALM-207ENST00000590161 2137 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
SYNE3Q6ZMZ3 NR2F2-201ENST00000394166 5275 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 PTOV1-212ENST00000599732 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.5 ms