Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 LRRC4B-201ENST00000389201 2958 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 HNRNPLL-204ENST00000409328 1908 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.17■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 WNK2-202ENST00000395477 6834 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 HOXC13-201ENST00000243056 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 CNOT6-201ENST00000261951 6176 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 CDV3-201ENST00000264993 3307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 NEUROG1-201ENST00000314744 1668 ntAPPRIS P1 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 KCNIP2-207ENST00000358038 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 KANSL1-202ENST00000432791 5343 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 BCR-202ENST00000359540 4708 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 KDM5C-203ENST00000375383 5122 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.5
CCDC54Q8NEL0 SH3GL1-206ENST00000598564 2194 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 FRRS1L-201ENST00000561981 8197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 WAS-201ENST00000376701 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 SDK1-202ENST00000404826 10397 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 TM7SF2-201ENST00000279263 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 GNA12-201ENST00000275364 4378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
CCDC54Q8NEL0 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.3 ms