Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 AC006128.1-201ENST00000624704 1661 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 NAGK-229ENST00000613852 1801 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 DNAAF3-201ENST00000391720 2169 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 CERS1-202ENST00000542296 1947 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 LAYN-204ENST00000525126 1763 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
USP28Q96RU2 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 RNH1-222ENST00000533410 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 CNTNAP3B-212ENST00000617422 2170 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 GMPPA-205ENST00000373917 1630 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 ERF-202ENST00000440177 2032 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
USP28Q96RU2 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC23.93■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.2 ms