Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 ABLIM2-205ENST00000428004 2573 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 SNX3-201ENST00000230085 1755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 EEF1D-204ENST00000423316 2378 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 LINC01011-201ENST00000445000 2811 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 PPP4R2-201ENST00000356692 4984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 TRAPPC3-208ENST00000616074 1114 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 HHIPL1-202ENST00000357223 2241 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
SKA1Q96BD8 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
SKA1Q96BD8 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms