Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 ABHD14A-201ENST00000273596 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 PTTG1-205ENST00000520452 895 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 AL355075.4-201ENST00000554988 638 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 AC090527.2-201ENST00000564080 1060 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 AC010531.1-201ENST00000568879 953 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 POM121L13P-201ENST00000422362 380 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 BX322234.1-201ENST00000444188 980 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 OR10H2-201ENST00000305899 1041 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 CNIH4-203ENST00000366858 702 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 CD99-210ENST00000611428 1243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 SNX21-213ENST00000614929 587 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 DDX31-206ENST00000480876 1333 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 ISG20-202ENST00000379224 540 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 PSMG1-202ENST00000380900 907 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 OAF-202ENST00000531220 815 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 GAL3ST4-204ENST00000423751 1695 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 MTDHP1-201ENST00000605323 784 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 AC087499.1-201ENST00000418141 1075 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 ATRAID-208ENST00000611786 1256 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 DTD1-201ENST00000377452 1387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 KRT18P35-201ENST00000510488 1269 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 PQLC2-203ENST00000400548 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 C2orf50-202ENST00000405022 980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 ZNF529-AS1-202ENST00000475219 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CHD9Q3L8U1 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 FAM207A-202ENST00000397826 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 AL133410.2-201ENST00000425499 696 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 LINC00304-202ENST00000562248 1095 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 AL353593.2-202ENST00000602947 550 ntTSL 4 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 TRIM73-202ENST00000430211 1321 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 BAALC-AS1-206ENST00000521383 736 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 FLT3LG-211ENST00000600429 984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 GCK-205ENST00000437084 1385 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 GORASP1-220ENST00000479927 1345 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 SLC25A39-212ENST00000590194 1542 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 PARL-201ENST00000311101 1240 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CHD9Q3L8U1 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
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