Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 AC007128.1-201ENST00000424460 1853 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 ARL6IP4-220ENST00000543566 1591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 TMEM204-201ENST00000253934 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 AC245052.3-201ENST00000450182 901 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 CA7-201ENST00000338437 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 BCKDK-201ENST00000219794 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 ABHD12B-202ENST00000353130 1477 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 DYNC1I1-211ENST00000537881 2146 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 PPCS-203ENST00000372561 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
SMARCA1P28370 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 GNB2-206ENST00000424361 1478 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 DPF1-201ENST00000355526 1632 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SMARCA1P28370 OTUB1-211ENST00000543004 1647 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms