Protein–RNA interactions for Protein: O95343

SIX3, Homeobox protein SIX3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 332 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SIX3O95343 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SIX3O95343 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SIX3O95343 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
SIX3O95343 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
SIX3O95343 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 REV1-201ENST00000258428 4751 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 MED17-221ENST00000639724 2317 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
SIX3O95343 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SIX3O95343 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SIX3O95343 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SIX3O95343 ABLIM2-204ENST00000407564 2291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SIX3O95343 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SIX3O95343 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SIX3O95343 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SIX3O95343 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SIX3O95343 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SIX3O95343 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SIX3O95343 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SIX3O95343 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
SIX3O95343 ATAD3A-202ENST00000378755 2612 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SIX3O95343 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SIX3O95343 TPCN2-209ENST00000637504 2736 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
SIX3O95343 PLK5-205ENST00000642079 1969 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 DLX2-201ENST00000234198 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
SIX3O95343 MOK-226ENST00000522874 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SIX3O95343 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SIX3O95343 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SIX3O95343 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SIX3O95343 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SIX3O95343 ADAMTS2-202ENST00000274609 2044 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SIX3O95343 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SIX3O95343 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SIX3O95343 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SIX3O95343 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SIX3O95343 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SIX3O95343 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SIX3O95343 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SIX3O95343 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
SIX3O95343 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SIX3O95343 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
SIX3O95343 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SIX3O95343 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SIX3O95343 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SIX3O95343 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SIX3O95343 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SIX3O95343 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SIX3O95343 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SIX3O95343 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC20.44■□□□□ 0.86
SIX3O95343 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SIX3O95343 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SIX3O95343 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
SIX3O95343 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
SIX3O95343 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SIX3O95343 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SIX3O95343 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SIX3O95343 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SIX3O95343 GALNT10-202ENST00000377661 3778 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SIX3O95343 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SIX3O95343 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SIX3O95343 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SIX3O95343 MAG-201ENST00000361922 2426 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SIX3O95343 UBR2-203ENST00000372903 2423 ntTSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SIX3O95343 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SIX3O95343 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
SIX3O95343 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
SIX3O95343 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC20.43■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms