Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2W7

KCNIP3, Calsenilin, humanhuman

Predictions only

Length 256 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KCNIP3Q9Y2W7 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
KCNIP3Q9Y2W7 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
KCNIP3Q9Y2W7 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 GKAP1-203ENST00000376371 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC21.97■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.11
KCNIP3Q9Y2W7 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 CYBA-201ENST00000261623 797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.1
KCNIP3Q9Y2W7 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.89■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC21.89■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.88■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.87■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
KCNIP3Q9Y2W7 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms