Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
VPS28Q9UK41 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS28Q9UK41 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS28Q9UK41 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS28Q9UK41 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS28Q9UK41 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
VPS28Q9UK41 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS28Q9UK41 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS28Q9UK41 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
VPS28Q9UK41 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
VPS28Q9UK41 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
VPS28Q9UK41 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS28Q9UK41 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS28Q9UK41 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
VPS28Q9UK41 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS28Q9UK41 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS28Q9UK41 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
VPS28Q9UK41 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS28Q9UK41 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS28Q9UK41 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS28Q9UK41 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS28Q9UK41 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS28Q9UK41 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS28Q9UK41 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS28Q9UK41 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS28Q9UK41 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS28Q9UK41 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
VPS28Q9UK41 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.94
VPS28Q9UK41 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
VPS28Q9UK41 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS28Q9UK41 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS28Q9UK41 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS28Q9UK41 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS28Q9UK41 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS28Q9UK41 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS28Q9UK41 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS28Q9UK41 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS28Q9UK41 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS28Q9UK41 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS28Q9UK41 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS28Q9UK41 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC27.07■■□□□ 1.92
VPS28Q9UK41 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS28Q9UK41 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.6 ms