Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC29.22■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.27
CHD9Q3L8U1 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
CHD9Q3L8U1 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CHD9Q3L8U1 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CHD9Q3L8U1 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
CHD9Q3L8U1 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
CHD9Q3L8U1 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CHD9Q3L8U1 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.18■■■□□ 2.26
CHD9Q3L8U1 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC29.17■■■□□ 2.26
CHD9Q3L8U1 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CHD9Q3L8U1 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
CHD9Q3L8U1 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC29.15■■■□□ 2.26
CHD9Q3L8U1 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
CHD9Q3L8U1 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
CHD9Q3L8U1 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
CHD9Q3L8U1 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CHD9Q3L8U1 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.15■■■□□ 2.26
CHD9Q3L8U1 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
CHD9Q3L8U1 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC29.13■■■□□ 2.25
CHD9Q3L8U1 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CHD9Q3L8U1 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
CHD9Q3L8U1 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC29.11■■■□□ 2.25
CHD9Q3L8U1 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
CHD9Q3L8U1 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CHD9Q3L8U1 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC29.1■■■□□ 2.25
CHD9Q3L8U1 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CHD9Q3L8U1 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
CHD9Q3L8U1 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CHD9Q3L8U1 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
CHD9Q3L8U1 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CHD9Q3L8U1 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
CHD9Q3L8U1 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
CHD9Q3L8U1 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
CHD9Q3L8U1 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
CHD9Q3L8U1 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
CHD9Q3L8U1 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
CHD9Q3L8U1 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
CHD9Q3L8U1 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
CHD9Q3L8U1 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CHD9Q3L8U1 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC28.97■■■□□ 2.23
CHD9Q3L8U1 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
CHD9Q3L8U1 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.94■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC28.93■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.91■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC28.89■■■□□ 2.22
CHD9Q3L8U1 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.21
CHD9Q3L8U1 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CHD9Q3L8U1 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.88■■■□□ 2.21
CHD9Q3L8U1 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CHD9Q3L8U1 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CHD9Q3L8U1 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
CHD9Q3L8U1 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC28.87■■■□□ 2.21
CHD9Q3L8U1 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CHD9Q3L8U1 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CHD9Q3L8U1 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHD9Q3L8U1 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CHD9Q3L8U1 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CHD9Q3L8U1 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CHD9Q3L8U1 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CHD9Q3L8U1 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CHD9Q3L8U1 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
CHD9Q3L8U1 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHD9Q3L8U1 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CHD9Q3L8U1 RNF130-201ENST00000261947 1766 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CHD9Q3L8U1 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CHD9Q3L8U1 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CHD9Q3L8U1 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHD9Q3L8U1 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHD9Q3L8U1 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHD9Q3L8U1 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CHD9Q3L8U1 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CHD9Q3L8U1 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CHD9Q3L8U1 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CHD9Q3L8U1 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CHD9Q3L8U1 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CHD9Q3L8U1 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
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