Protein–RNA interactions for Protein: P28827

PTPRM, Receptor-type tyrosine-protein phosphatase mu, humanhuman

Predictions only

Length 1,452 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRMP28827 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.67■■■■■ 4.1
PTPRMP28827 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.66■■■■■ 4.1
PTPRMP28827 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.66■■■■■ 4.1
PTPRMP28827 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.64■■■■■ 4.1
PTPRMP28827 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC40.62■■■■■ 4.09
PTPRMP28827 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC40.62■■■■■ 4.09
PTPRMP28827 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC40.6■■■■■ 4.09
PTPRMP28827 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.59■■■■■ 4.09
PTPRMP28827 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC40.58■■■■■ 4.09
PTPRMP28827 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC40.58■■■■■ 4.09
PTPRMP28827 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC40.58■■■■■ 4.09
PTPRMP28827 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC40.57■■■■■ 4.08
PTPRMP28827 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC40.53■■■■■ 4.08
PTPRMP28827 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC40.53■■■■■ 4.08
PTPRMP28827 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC40.51■■■■■ 4.08
PTPRMP28827 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC40.51■■■■■ 4.08
PTPRMP28827 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.51■■■■■ 4.07
PTPRMP28827 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC40.49■■■■■ 4.07
PTPRMP28827 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.48■■■■■ 4.07
PTPRMP28827 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC40.48■■■■■ 4.07
PTPRMP28827 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC40.45■■■■■ 4.07
PTPRMP28827 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC40.45■■■■■ 4.07
PTPRMP28827 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC40.45■■■■■ 4.07
PTPRMP28827 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC40.44■■■■■ 4.06
PTPRMP28827 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC40.44■■■■■ 4.06
PTPRMP28827 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC40.44■■■■■ 4.06
PTPRMP28827 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC40.43■■■■■ 4.06
PTPRMP28827 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC40.43■■■■■ 4.06
PTPRMP28827 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.42■■■■■ 4.06
PTPRMP28827 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.42■■■■■ 4.06
PTPRMP28827 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC40.42■■■■■ 4.06
PTPRMP28827 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC40.41■■■■■ 4.06
PTPRMP28827 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC40.41■■■■■ 4.06
PTPRMP28827 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC40.4■■■■■ 4.06
PTPRMP28827 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.4■■■■■ 4.06
PTPRMP28827 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC40.4■■■■■ 4.06
PTPRMP28827 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.4■■■■■ 4.06
PTPRMP28827 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.39■■■■■ 4.06
PTPRMP28827 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC40.36■■■■■ 4.05
PTPRMP28827 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC40.35■■■■■ 4.05
PTPRMP28827 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.35■■■■■ 4.05
PTPRMP28827 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.35■■■■■ 4.05
PTPRMP28827 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC40.34■■■■■ 4.05
PTPRMP28827 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.34■■■■■ 4.05
PTPRMP28827 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.34■■■■■ 4.05
PTPRMP28827 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC40.32■■■■■ 4.05
PTPRMP28827 PPP2CB-201ENST00000221138 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.05
PTPRMP28827 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC40.32■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC40.32■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.32■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC40.31■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC40.31■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC40.31■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC40.31■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC40.31■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC40.31■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC40.31■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC40.31■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC40.31■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC40.3■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC40.29■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.28■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC40.28■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.27■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC40.27■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.26■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC40.26■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.26■■■■■ 4.04
PTPRMP28827 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC40.25■■■■■ 4.03
PTPRMP28827 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.25■■■■■ 4.03
PTPRMP28827 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC40.25■■■■■ 4.03
PTPRMP28827 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.21■■■■■ 4.03
PTPRMP28827 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC40.21■■■■■ 4.03
PTPRMP28827 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC40.21■■■■■ 4.03
PTPRMP28827 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.19■■■■■ 4.03
PTPRMP28827 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.19■■■■■ 4.03
PTPRMP28827 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC40.19■■■■■ 4.02
PTPRMP28827 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.19■■■■■ 4.02
PTPRMP28827 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC40.19■■■■■ 4.02
PTPRMP28827 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.18■■■■■ 4.02
PTPRMP28827 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC40.18■■■■■ 4.02
PTPRMP28827 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC40.15■■■■■ 4.02
PTPRMP28827 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC40.14■■■■■ 4.02
PTPRMP28827 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC40.13■■■■■ 4.01
PTPRMP28827 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC40.12■■■■■ 4.01
PTPRMP28827 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC40.11■■■■■ 4.01
PTPRMP28827 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC40.08■■■■■ 4.01
PTPRMP28827 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.07■■■■■ 4
PTPRMP28827 C11orf95-204ENST00000546282 390 ntTSL 3 BASIC40.06■■■■■ 4
PTPRMP28827 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.05■■■■■ 4
PTPRMP28827 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.03■■■■■ 4
PTPRMP28827 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC40.03■■■■■ 4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8 ms