Protein–RNA interactions for Protein: P01375

TNF, Tumor necrosis factor, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFP01375 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TNFP01375 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TNFP01375 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC26.3■■□□□ 1.8
TNFP01375 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
TNFP01375 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
TNFP01375 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TNFP01375 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TNFP01375 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
TNFP01375 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
TNFP01375 PDXP-201ENST00000215904 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
TNFP01375 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
TNFP01375 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
TNFP01375 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
TNFP01375 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
TNFP01375 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
TNFP01375 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
TNFP01375 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
TNFP01375 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TNFP01375 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
TNFP01375 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC26.26■■□□□ 1.79
TNFP01375 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC26.25■■□□□ 1.79
TNFP01375 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
TNFP01375 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
TNFP01375 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TNFP01375 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TNFP01375 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC26.23■■□□□ 1.79
TNFP01375 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
TNFP01375 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
TNFP01375 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
TNFP01375 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
TNFP01375 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
TNFP01375 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
TNFP01375 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC26.18■■□□□ 1.78
TNFP01375 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TNFP01375 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
TNFP01375 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC26.17■■□□□ 1.78
TNFP01375 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
TNFP01375 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
TNFP01375 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TNFP01375 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
TNFP01375 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
TNFP01375 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TNFP01375 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TNFP01375 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
TNFP01375 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
TNFP01375 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
TNFP01375 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
TNFP01375 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
TNFP01375 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
TNFP01375 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
TNFP01375 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
TNFP01375 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
TNFP01375 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
TNFP01375 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
TNFP01375 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
TNFP01375 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
TNFP01375 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
TNFP01375 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
TNFP01375 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.76
TNFP01375 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC26.07■■□□□ 1.76
TNFP01375 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
TNFP01375 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
TNFP01375 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
TNFP01375 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC26.06■■□□□ 1.76
TNFP01375 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
TNFP01375 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TNFP01375 AVEN-201ENST00000306730 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TNFP01375 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
TNFP01375 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TNFP01375 POLR1D-201ENST00000302979 1166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TNFP01375 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
TNFP01375 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
TNFP01375 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TNFP01375 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
TNFP01375 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TNFP01375 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TNFP01375 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
TNFP01375 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
TNFP01375 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TNFP01375 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TNFP01375 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
TNFP01375 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC26■■□□□ 1.75
TNFP01375 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TNFP01375 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
TNFP01375 DTNBP1-202ENST00000344537 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
TNFP01375 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TNFP01375 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TNFP01375 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
TNFP01375 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
TNFP01375 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TNFP01375 TPRA1-201ENST00000296210 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
TNFP01375 LRRC61-202ENST00000359623 1877 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
TNFP01375 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
TNFP01375 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
TNFP01375 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TNFP01375 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TNFP01375 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
TNFP01375 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TNFP01375 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
TNFP01375 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms