Protein–RNA interactions for Protein: E9PIF3

NPIPA2, Nuclear pore complex-interacting protein family member A2, humanhuman

Predictions only

Length 369 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPIPA2E9PIF3 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPIPA2E9PIF3 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPIPA2E9PIF3 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPIPA2E9PIF3 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPIPA2E9PIF3 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
NPIPA2E9PIF3 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPIPA2E9PIF3 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPIPA2E9PIF3 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
NPIPA2E9PIF3 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
NPIPA2E9PIF3 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
NPIPA2E9PIF3 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
NPIPA2E9PIF3 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NPIPA2E9PIF3 ZNF706-207ENST00000519882 959 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NPIPA2E9PIF3 ZNF706-213ENST00000521272 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
NPIPA2E9PIF3 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPIPA2E9PIF3 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPIPA2E9PIF3 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
NPIPA2E9PIF3 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
NPIPA2E9PIF3 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC24.17■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
NPIPA2E9PIF3 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NPIPA2E9PIF3 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
NPIPA2E9PIF3 ARHGDIG-201ENST00000219409 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NPIPA2E9PIF3 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NPIPA2E9PIF3 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NPIPA2E9PIF3 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
NPIPA2E9PIF3 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NPIPA2E9PIF3 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
NPIPA2E9PIF3 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
NPIPA2E9PIF3 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
NPIPA2E9PIF3 CNIH2-203ENST00000528852 1524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
NPIPA2E9PIF3 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NPIPA2E9PIF3 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
NPIPA2E9PIF3 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
NPIPA2E9PIF3 AGPAT2-202ENST00000371696 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
NPIPA2E9PIF3 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
NPIPA2E9PIF3 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
NPIPA2E9PIF3 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC24■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC23.97■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
NPIPA2E9PIF3 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPIPA2E9PIF3 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPIPA2E9PIF3 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
NPIPA2E9PIF3 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 133.1 ms