Protein–RNA interactions for Protein: A0A1B0GVQ3

LINC00854, Long intergenic non-protein coding RNA 854, humanhuman

Predictions only

Length 168 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00854A0A1B0GVQ3 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LINC00854A0A1B0GVQ3 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LINC00854A0A1B0GVQ3 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LINC00854A0A1B0GVQ3 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 PPP2CB-204ENST00000518564 691 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 DRD4-201ENST00000176183 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
LINC00854A0A1B0GVQ3 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
LINC00854A0A1B0GVQ3 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LINC00854A0A1B0GVQ3 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LINC00854A0A1B0GVQ3 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LINC00854A0A1B0GVQ3 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LINC00854A0A1B0GVQ3 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LINC00854A0A1B0GVQ3 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LINC00854A0A1B0GVQ3 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LINC00854A0A1B0GVQ3 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LINC00854A0A1B0GVQ3 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LINC00854A0A1B0GVQ3 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LINC00854A0A1B0GVQ3 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LINC00854A0A1B0GVQ3 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LINC00854A0A1B0GVQ3 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LINC00854A0A1B0GVQ3 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LINC00854A0A1B0GVQ3 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LINC00854A0A1B0GVQ3 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LINC00854A0A1B0GVQ3 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LINC00854A0A1B0GVQ3 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LINC00854A0A1B0GVQ3 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LINC00854A0A1B0GVQ3 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LINC00854A0A1B0GVQ3 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LINC00854A0A1B0GVQ3 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LINC00854A0A1B0GVQ3 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LINC00854A0A1B0GVQ3 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LINC00854A0A1B0GVQ3 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LINC00854A0A1B0GVQ3 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LINC00854A0A1B0GVQ3 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LINC00854A0A1B0GVQ3 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LINC00854A0A1B0GVQ3 HOXB3-208ENST00000476342 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LINC00854A0A1B0GVQ3 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LINC00854A0A1B0GVQ3 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LINC00854A0A1B0GVQ3 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LINC00854A0A1B0GVQ3 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.16■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
LINC00854A0A1B0GVQ3 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LINC00854A0A1B0GVQ3 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
LINC00854A0A1B0GVQ3 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
LINC00854A0A1B0GVQ3 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.13■■□□□ 1.29
LINC00854A0A1B0GVQ3 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
LINC00854A0A1B0GVQ3 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
LINC00854A0A1B0GVQ3 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
LINC00854A0A1B0GVQ3 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
LINC00854A0A1B0GVQ3 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LINC00854A0A1B0GVQ3 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LINC00854A0A1B0GVQ3 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LINC00854A0A1B0GVQ3 MAGI2-201ENST00000354212 6880 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LINC00854A0A1B0GVQ3 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
LINC00854A0A1B0GVQ3 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
LINC00854A0A1B0GVQ3 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LINC00854A0A1B0GVQ3 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
LINC00854A0A1B0GVQ3 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LINC00854A0A1B0GVQ3 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.07■■□□□ 1.28
LINC00854A0A1B0GVQ3 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms