Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 UGP2-201ENST00000337130 2338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 GPAA1-202ENST00000361036 1840 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 LAYN-202ENST00000375615 1836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 RCN3-201ENST00000270645 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 C17orf67-201ENST00000397861 2013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 DR1-201ENST00000370267 1647 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 AP005212.1-201ENST00000581547 1997 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 TCP11-203ENST00000373974 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 GABARAPL3-202ENST00000624044 1851 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 ESRRA-202ENST00000405666 2283 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 HOXA11-AS-204ENST00000522674 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 NUDT11-201ENST00000375992 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 DNAAF3-202ENST00000455045 2318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 IL17RC-205ENST00000413608 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 EGFL7-201ENST00000308874 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 RXFP3-201ENST00000330120 1852 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 NR6A1-202ENST00000373584 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 PLSCR3-201ENST00000324822 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 SPOCK3-217ENST00000511269 1768 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 SLC35E4-202ENST00000406566 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 DEDD2-201ENST00000336034 1882 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 RHNO1-204ENST00000489288 1870 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 RGMA-210ENST00000557301 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 DTX3-201ENST00000337737 2029 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 SDHAF3-202ENST00000432641 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
LIMA1Q9UHB6 DUSP15-201ENST00000278979 1732 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 FDXR-201ENST00000293195 1875 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 AC073314.1-201ENST00000568729 2216 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 AC135279.3-201ENST00000610945 1311 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 S1PR5-204ENST00000617721 1698 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 AC121338.2-201ENST00000622535 1744 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 SP3-208ENST00000640958 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 SPNS1-203ENST00000334536 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 PCMT1-205ENST00000464889 1984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 MAMSTR-202ENST00000356751 1825 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
LIMA1Q9UHB6 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 212.1 ms